En aspectos generales, esta Constitución no varió mucho comparada con la anterior, la Constitución de 1979. Se conservó incluso textualmente algunos artículos y en otros casos solo se ha variado la forma, mas no el fondo. Sin embargo, buena parte de sus pocas innovaciones son de importancia fundamental.
- Referéndum. Introduce el mecanismo del referéndum o consulta popular para la aprobación de cualquier reforma total o parcial de la Constitución, la aprobación de normas con rango de ley, las ordenanzas municipales y las materias relativas al proceso de descentralización.
- La pena de muerte. Sanción que antes solo se aplicaba para delitos de traición a la patria en guerra exterior, se extiende a los delitos de terrorismo. Pero en la práctica no ha sido reglamentada esto último.
- La reelección presidencial. El mandato presidencial se mantuvo en cinco años, pero se permitió una sola reelección inmediata o consecutiva (artículo 112). Al amparo de este artículo constitucional, Fujimori se reeligió en 1995; al año siguiente, mediante una controvertida “Ley de Interpretación Auténtica”, se le permitió otra reelección consecutiva la llamada “re-reelección”. De acuerdo con esta interpretación, el segundo gobierno de Fujimori (1995-2000) era el primero sujeto a ese artículo constitucional, invocándose la no retroactividad de las leyes. Luego de la fuga y renuncia de Fujimori desde el Japón en octubre de 2000, se modificó este artículo, quedando prohibida la reelección inmediata: a partir de entonces, quien culmina su mandato presidencial puede volver a candidatear transcurrido como mínimo un período constitucional. Es decir, se volvió a lo que establecía la constitución anterior.
- Extensión de facultades al Poder Ejecutivo. El Poder Ejecutivo, en especial el Presidente de la República, obtuvo mayores atribuciones. Estas fueron ampliadas a nivel de potestad legislativa mediante los decretos de urgencia. El presidente puede disolver el Congreso si éste censura a dos consejos de ministros.
- Unicameralidad. El Poder Legislativo tuvo un cambio radical en su estructura: se abolió la bicameralidad parlamentaria y se impuso la unicameralidad, es decir una sola cámara, con 120 representantes o congresistas. En el 2011 se amplió su número a 130. De todos modos, continúa siendo un número inferior al que tenía el antiguo Congreso bicameral (180 diputados y 60 senadores).
- Reforma del Consejo Nacional de la Magistratura. Se reforma el Consejo Nacional de la Magistratura del Perú, organismo al que se dota de autonomía para la selección y nombramiento de los magistrados Jueces y Fiscales, labor que antes recaía en el presidente de la República sujeto a ratificación del Congreso.
- Creación de la Defensoría del Pueblo. Se estableció la figura de la Defensoría del Pueblo como un ente autónomo encargado de defender los derechos del pueblo y supervisar el cumplimiento de los deberes de la administración estatal. Su titular es el Defensor del Pueblo, elegido y removido por el Congreso con el voto de los dos tercios del número legal de sus miembros.
- Establecimiento del rol subsidiario del Estado en la economía. Se establece que la iniciativa privada es libre y se ejerce en una economía social de mercado. El Estado asume solo su rol orientador, mas no hace actividad empresarial, sino solo excepcionalmente. La anterior Constitución consagraba el ejercicio de la actividad empresarial por parte del Estado; ahora el Estado vigila y facilita la libre competencia, legaliza la libre tenencia de moneda extranjera y el libre cambio y defiende los intereses de los consumidores y usuarios.
- Se sigue mencionando a las Comunidades Campesinas y las Nativas, pero ya no a la reforma agraria, como ampliamente lo hacía la anterior carta magna. Se garantiza la privatización de la tierra aplicándose el libre mercado; incluso las tierras abandonadas pasan al dominio del Estado para su adjudicación en venta.
- Se dejó de garantizar plenamente la estabilidad laboral, la misma que era estipulada explícitamente en el artículo 48 de la Constitución anterior. Ahora solo se dice que el Estado otorga al trabajador adecuada protección contra el despido arbitrario.
- Se reconoce a las municipalidades autonomía política, económica y administrativa.
